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在种植业生产中，人们通过施肥来提高作物产量，改善产品的质量，增加经济效益，维持和提高土壤肥力。众多肥料中，有机肥料是生产绿色食品的理想肥料慢慢的变成了人们的共识。
首先是提高土壤肥力。土壤肥力指标是绿色食品生产中土壤环境品质衡量准则的重要组成部分。施用有机肥料是保持和提高土壤肥力的主要途径。有机肥料能够使土壤疏松、肥沃，促进植物的旺盛生长和健壮，抗旱、抗寒、抗倒伏和抗病虫害等抗逆能力增加，达到优质和高产。
其次是能减轻土壤污染。土壤有机质能与重金属元素产生中和或螯合作用，吸附有机污染物，从而减轻对植物食品的危害。
再次是营养作用。有机氮、磷、氨基酸、核酸能显著增加食品的蛋白质、糖、维生素以及芳香物质的含量，增加鲜嫩食品的干物质比重，从而使食品品质、风味、耐贮藏性提高，色泽、外观等显著改善。这种特殊作用是化肥所不能替代的。
应该指出的是，在我国现代高产优质农业中，每年每公顷施用有机肥75000公斤(1亩5000公斤)以上才能满足作物的需求，且对改善品质的作用明显。只有实行有机肥与化肥配合施用，才能取得优质高产的效果。土壤增施有机肥料的途径有，积造农家肥、种植绿肥、秸秆还田。
施用未经无害化处理的有机肥料可能给食品带来的污染会比化肥更严重、更难预防。化学污染是生活垃圾中有害于人体健康的物质含量超标的主要的因素。主要有来源于电池、电器、油漆、颜料添加剂中的有机污染物，城市垃圾、人畜粪便等有机废弃物含有大量的病原体，这些病毒在土壤中存活时间比较久。据调查，花菜、黄瓜、扁豆及茄果蔬菜受大肠杆菌污染较重，马铃薯、藕、笋、萝卜、葱、白菜受寄生虫卵污染较重。
绿色食品生产应把住有机肥无害化这一关。首先，要把住有机肥源头，对可能受污染的，尤其是化学污染较重的有机肥禁止使用，经检验合格后再用。其次，要实行高温堆肥处理，温度在50℃?55℃处理18天，大肠菌值降到10-1，蛔虫卵死亡率达到100%，各种蝇蛆、蛹、成虫的死亡率100%，能达到有机肥无害化的标准。绿色食品生产应禁止“生粪下地”。
开发和应用商品有机肥是有机肥料发展的一个新领域，适应市场经济需求，在产品质量上具有可靠性，可作为绿色食品生产的主要肥料之一。
目前，商品有机肥主要有三大类：①城市垃圾堆肥，主要分布于大城市，以解决城市垃圾污染为目的，实现垃圾肥料商品化，取得较好的综合效益。②活性有机肥料，以畜禽粪和农副产品加工下脚料为主要的组成原材料，经加入发酵微生物进行发酵脱水和无害化处理而成，是优质有机肥料。③腐殖酸、氨基酸类特种有机肥料，富含有机营养成分和植物生长调节剂，可制成液体肥料用于叶面喷施。
合理施用化肥，可以培肥地力和提高食品品质。化肥能够补充土壤养分，平衡作物营养，从而促进作物生长，提高农产品品质。农作物从化肥中吸取的养分与从有机肥中吸取的同种养分元素作用是完全一样的。每当谈到食品品质下降就归罪于化肥的使用，这其实就是一种误解。
在影响食品品质方面，化肥与农药有本质的区别。化学合成的农药一般不同于天然产品，是自然环境中不存在的有机物，有些成分能在人体和动物体内积累，有些成分可能致癌，有些成分长期残留于土壤，参与生态循环，负面影响较大。化肥与农药不同。化肥的成分在自然土壤中都存在，施用化肥是为了补充植物必需而土壤又供应不足的营养。当今年的主要化肥品种，一些本身来自于天然矿物的转化，如磷肥、钾肥，氮肥是合成氨及其加工产品。事实上，有机肥中的有机物一般不能为作物所直接吸收，而要分解成如同化肥中所含的一样成分后，才能发挥其营养作用。化肥与食品品质的关系比较密切，可以归纳为化肥施用得当则有益，施用不当则有害。磷肥和钾肥对农产品品质改善有明显的推动作用。以蔬菜施钾为例，钾能够更好的降低蔬菜中硝酸盐含量，提高蔬菜整齐度，增强抗病性，改善品质。施钾能大大的提升西瓜糖度，降低酸度，提高耐藏性。钾素促进氨基酸转移到籽粒，有利于籽粒中蛋白质的合成。氮肥施用得当，同样可提升品质。
在生产实践中，化肥施用存在的主体问题是养分比例失调，氮肥用量过大，钾肥及微量元素不足。通透性变差，养分流失，对环境造成污染，造成水体中硝态氮和亚硝态氮增加，而且硝酸盐在农产品中富集，危害人类健康。
平衡施肥要做好“测土、配方、配肥、供肥和施肥技术指导”五个环节的工作。从根本上改变农民盲目施肥的习惯，有效控制氮肥的用量而不致过量造成嗜性吸收引起食品硝酸盐含量超标。同时，使化肥的利用率由当前的30%提高到45%以上，节本增收的效果十分显着。生产中化肥必须与有机肥配合施用，有机氮与无机氮之比不超过1：1，例如，施优质厩肥100公斤加尿素1公斤(厩肥作基肥、尿素作基肥和追肥用)。农产品最后一次追肥必须在收获前30天进行。
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